系统方面，作为HTC Butterfly系列的第二款产品，HTC Butterfly s（HTC 9060）依然采用时下主流的Android操作系统，系统版本为Android 4.2，并搭载HTC当前的最新的Sense版本——HTC Sense 5.0 UI（用户界面），整体风格简约、大气，相比原生Android 4.2系统加入了众多人性化的革新，操控体验更加便捷。

　
锁屏界面和桌面界面

　　由于搭载了全新HTC Sense 5.0 UI，因而界面方面HTC Butterfly s（HTC 9060）相比年初上市的Butterfly有着明显的变化。当然最显著的变化则在于加入了“缤纷聚合界面”，与新HTC One等产品相同，用户可以根据需求自行定制属于个人的动态桌面，新闻资讯以及微博和朋友圈内容统统集中在一处，而且可以实现实时更新，让查看信息更加方便。

　
缤纷聚合界面

　
通知栏快捷方式列表和应用程序列表界面

　　同时，这款手机依然保留了原生Android 4.2系统的通知栏快捷方式列表界面，不过其中的内容更加丰富，除了常见的WLAN、蓝牙、数据连接、飞行模式等内容外，还加入了设置、WLAN热点、屏幕截图以及节能程序等设置的快捷方式，进一步方便了用户的日常使用，而且部分快捷方式还加入了二级菜单，可以满足用户的更多需求。

“梦幻影音剪辑”播放画面截图

　　另外，HTC Butterfly s（HTC 9060）采用了颠覆传统的图片浏览方式，用户能够以“幻灯片”的形式进行浏览，而且还可以加入背景音乐（允许用户自定义），让图片浏览更加生动有趣。此外，这款手机还能够自动将手机中的图片合成为“梦幻影音剪辑”（图片＋特效＋背景音乐），相比以幻灯片形式浏览图片更加生动，当然用户还可以更改特效以及背景音乐，拥有众多人性化设计。