事实上，除了加入指纹识别功能之外，HTC One M9+软件层面还有不少特色之处。系统方面，这款手机采用最新的Android 5.0操作系统，并加入了专为国内消费者打造的China Sense，界面方面清新别致，延续了传统HTC Sense UI的设计风格，同时也有原生Android 5.0的影子，不过更多的差异则在于多种可定制选项的加入。

　
桌面界面和应用程序列表界面

　　与我们之前见到的HTC Sense界面一样，HTC One M9+的China Sense依然保留的单独的桌面界面和应用程序列表界面，不过它加入了“Sense首页”小插件，用户可以通过“外出”、“工作”以及“家庭”来分类，对常用应用进行分类管理。至于下拉通知栏则与谷歌原生样式相似，不过支持用户定制功能，可以自定义快捷开关以及排列顺序。

　
通知栏界面和近期任务管理界面

　
个性化设置和导航栏便捷界面

　　说到可定制，HTC One M9+最大的革新则在于首页导航按钮的可定制功能。在默认情况下，首页底部导航按钮为四个，它允许用户调整导航栏按钮的排列顺序，以及第四个按钮的功能，不过“返回”、“首页”以及“近期使用的应用程序”按钮必须保留。值得一提的是，通过“隐藏导航栏”按钮，用户可以将HTC One M9+的虚拟按键隐藏，即变身为“三下巴”，游戏或是观看视频过程中都可隐藏，进而可以增大屏幕视野，颇为实用。

　
HTC账户界面

　　同时，这款手机还允许用户自定义主题、壁纸、字体等，并首度引入了HTC账户，其中拥有丰富的在线主题、图标、声音、壁纸供用户下载。而只有用户登陆HTC账户之后，才可以下载来自其它HTC账户的主题以及字体等手机个性化元素，同时还可以参与主题的设计，并分享给其它用户。

　
设置界面和感应启动界面

　　另外，与前代产品HTC One M8一样，结合内置感应器，HTC One M9+同样支持多种智能预知感应功能，比如自动接听、双击亮屏、上滑解锁、音量键开启相机等等，使得手机的操作更加智能。就实际体验效果来说，与当年的HTC One M8没有明显差异。