在系统方面，金立M5搭载了基于谷歌Android 5.1深度定制Amigo 3.0，界面风格延续了金立S7的风格，拥有主流的一体式桌面，手机中的所有应用均位于桌面界面，左右滑动即可进行查看，为用户日常使用带来极大的方便，而这正是一体式桌面大行其道的原因所在。当然，它也支持桌面文件夹管理功能，而且加入了应用首字母检索功能，体验方面更加便捷。

　
桌面界面（“匠心”主题）

　
桌面界面（“星韵”主题）

　　同时，金立M5同样拥有多套在线主题供用户选择，满足了不同用户的个性化需求。它还增加了两套全新的本地主题——“星韵”和“匠心”，有必要在这里强调一下。其中，“匠心”主题的图标以金色和白色为主色调，如图所示，图标以圆角矩形为主，设计颇为精致，呈现了奢华的商务风范。相信这样的设计，会得到众多商务人士的喜欢。除此之外，它还拥有清新别致的“星韵”本地主题。

　
通知管理界面

　　另外，金立M5对于“应用通知”管理进行了再度优化。在管理界面，用户可以决定某个应用的属性，是否为重要通知（注：重要通知会在锁屏显示），以及是否显示来自该应用的通知。它有效解决了Android手机垃圾通知过多以至于“淹没”重要通知的问题，让应用程序的通知内容回归用户自己掌控，实用性极强。需要说明的是，它的“控制中心”依然通过由底边向上滑动的方式调出。

　
通话界面和短信界面

　
金立翻译界面

　　此外，值得一提的是，除了系统管家、金立软件商店这些金立手机常见内置应用之外，金立M5还预置了金立录音宝和金立翻译两大应用。其中，金立录音宝的亮点在于它不仅可以清晰记录声音，还可以快速实现语音与文字转换（注：需要连接网络），功能强大。而金立翻译则可以轻松实现英汉互译（注：需要连网），用户出国旅游时能够为其带来诸多便利。